Quelques-unes de ces œuvres nous sont parvenues : des discours acétiques, des lettres et les sentences. Ces dernières sont d’inspiration poétique imprégnées de l’Amour de Dieu, d’espérance en sa miséricorde.

Sa pensée ne systématise rien mais contemple tout à travers son expérience de l’amour divin. En rédigeant ses écrits, Isaac traite du "  labeur de la prière", cette "conversation avec Dieu  ", qui se célèbre dans le cœur mais progresse par la psalmodie ou la méditation.

Il explique et propage ce qui est aujourd'hui appelé la pratique de "la prière intérieure", véritable "labeur", "don venant de Dieu".

I Accoutume ton esprit à s’absorber toujours dans les mystères du salut par le Christ, mais ne demande point pour toi-même la connaissance et la contemplation, qui, en leur temps et en leur lieu, dépassent l’expression de toute parole humaine.

Ne te relâche pas dans l’accomplissement des commandements et des efforts pour atteindre la pureté, et demande à Dieu, dans chacune de tes prières, aussi ardentes que la flamme, le don de cette affliction sainte qu’Il mit au cœur des Apôtres, des Martyrs et des Pères de l’Eglise.

XXII Il n’est point de péché non pardonné, hormis le péché non repenti.

XXXVQuand l’homme reconnait-il que son cœur a atteint la pureté ? Lorsqu’il considère tous les hommes comme bons, sans qu’aucun ne lui apparaisse impur et souillé ; alors, en vérité, il est pur de cœur.

XXXVII (…) Les passions constituent les diverses parties de la tendance prédominante dans le monde, et lorsqu’elles cessent, cette tendance aussi connaît son point d’arrêt.

Voici quelles sont ces passions : l’attachement aux richesses, le désir d’amasser, la jouissance du corps, qui engendre l’intempérance de la chair ; l’aspiration aux honneurs, d’où découle l’envie ; celle qui vise à commander ; l’arrogance due à l’éclat du pouvoir ; le goût de se parer et de plaire ; la recherche de la gloire humaine, cause de rancunes, la crainte corporelle… (…)

Quand tu auras connu ce qu’est le monde, toutes ces distinctions te permettront de déterminer en quoi tu y demeures attaché, et dans quelle mesure tu t’en es libéré.

XLI Les larmes dans la prière constituent un signe révélant que la prière est acceptée et guidée dans le champ de la pureté.

XLVI La prière nous amène à rechercher les raisons d’aimer Dieu.

L Celui qui s’est empli du sentiment de ses péchés est supérieur à celui dont la prière ressuscite les morts. Mieux vaut passer une heure à soupirer sur l’état de son âme que d’apporter au monde entier l’aide de son regard.

Parvenir à se voir soi-même, voilà qui est plus désirable que de voir les anges.

LI Le silence est le mystère du siècle futur.

LII Prier avec zèle, c’est mourir au monde.

LXII Quand tu adoptes devant Dieu l’attitude de la prière, assimile-toi en pensée à la fourmi, à la bête qui rampe sur la terre, à la sangsue ou au nourrisson vagissant.

N’emprunte rien alors au langage de la science, mais rapproche-toi de Dieu, présente-toi à ses yeux avec la pensée d’un jeune enfant afin de recevoir la grâce de cette paternelle sollicitude que déploient les pères envers leurs nouveau-nés.

LXIII Demande à Dieu de te donner la mesure de foi qui peut emplir ton âme. Et si tu en ressens les délices, il m’est aisé de dire que rien alors ne te détournera du Christ.

LXXII Un de nos Pères, dit-on, ne faisait consister sa prière pendant quarante jours qu’en une seule phrase : « J’ai péché en tant qu’homme, pardonne-moi en tant que Dieu. »

Les autres Pères l’entendaient répéter ces mots sans cesse, avec une contrition mêlée de larmes, unique prière qui, nuit et jour, remplaçait pour lui tous les offices.

LXXV Quiconque trouve ses péchés insignifiants en commet de pires : il subira un septuple châtiment.

LXXVIII Aime les pêcheurs, en haïssant leurs œuvres.

LXXIX N’irrite personne, ne hais personne, pas plus pour la foi que pour les mauvaises œuvres. Si tu veux amener ton prochain à la vérité, afflige-toi à son sujet et en versant quelques larmes, dis-lui une ou deux paroles affectueuses, évite que la colère ne t’enflamme contre lui, que jamais il ne voit en toi un signe d’hostilité.

Car l’amour vrai ne sait ni s’irriter, ni aigrir, ni montrer de la passion dans ses reproches.

LXXXI La mère qui apprend à marcher à son fils s’éloigne de lui, l’invite à venir vers elle ; mais lorsque, dans cette tentative, il chancelle et tombe, vu la faiblesse de son jeune âge, alors elle accourt et le prend dans ses bras.

Ainsi la grâce divine porte et instruit les hommes dont le cœur simple et pur s’est livré aux mains de leur Créateur.

LXXXIX Scrute toujours tes pensées, et prie pour acquérir dans la vie le regard qui voit la vérité. Alors s’ouvriront pour toi les fontaines de la joie, et tu découvriras des affections plus douces que le miel.

XCIV Les pensées, pour employer une image, sont comparables à l’eau : tant qu’on les contient de toutes parts, elles conservent un ordre régulier, mais si on les laisse franchir tant soit peu la digue, elles dévastent l’enceinte et occasionnent de grands ravages.

C Quiconque a découvert l’amour vrai goûte le Christ chaque jour et à toute heure, et devient immortel.

CIII Considère la prière comme la clef de l’Ecriture sainte.

CX Il est une humilité due à la crainte de Dieu et une autre à l’amour envers Lui ; la première fait redouter le Seigneur, la seconde a la joie pour principe. La première se montre toujours modeste en toutes choses, tempérée dans la vie sensible, contrite dans le cœur ; la seconde apparaît intensément simple ; le cœur alors s’élève sans que rien ne puisse le restreindre.

CXVI Si tu n’obtiens point la solitude dans ta pensée, isole-toi dans ton corps.

Si tu ne peux soutenir l’effort corporel, que ce soit dans ton esprit qu’il prenne quelque peine.

S’il ne t’est point donné de veiller debout, veille assis ou couché.

Si tu es incapable de jeûner pendant deux jours, fais-le jusqu’au soir ; si cela même t’est trop dur, garde-toi pour le moins de la satiété excessive.

Si ton cœur n’atteint point la sainteté, que ton corps demeure pur.

Si tu ne pleures pas dans ton cœur, couvre de larmes ton visage.

Si tu ne sais pratiquer la miséricorde, confesse que tu es pêcheur.

Si tu ignores l’art de pacifier, abstiens-toi d’attiser les discordes.

Si le zèle te fait défaut, évite, ne fût-ce que dans tes pensées, de te représenter comme un oisif.

CXVII Ne nourris point de haine pour le pêcheur, car tous nous sommes coupables ; si, pour l’amour de Dieu, tu le blâmes, pleure sur lui.

Pourquoi le hais-tu ? Ce sont ses péchés qu’il convient de haïr, tout en priant à son intention si tu veux ressembler au Christ, qui, loin de s’indigner contre les pécheurs priait pour eux…

Quelle est donc, ô homme, la raison qui te fait haïr le pécheur ? Est-ce parce qu’il est exempt de ta vertu ? Mais où donc est la vertu si tu manques de charité ?