Aussi ne s’insurge-t-il ni contre sa nomination à Paray, quand ses proches jugent indigne de lui d’aller s’ensevelir dans la petite cité charolaise, ni, alors qu’il est devenu le directeur de conscience de Marguerite-Marie, véritable raison, gardée secrète, de son envoi là-bas, ni contre, l’année suivante, la décision honorifique de le nommer prédicateur de la duchesse d’York, Marie-Béatrice d’Este, dont le mari est l’héritier de la Couronne britannique. A-t-on prévenu Claude de la méfiance qui entoure le futur roi et sa femme, soupçonnés de vouloir restaurer le catholicisme ? L’a-t-on invité à la prudence ? Si c’est le cas, il ne s’en préoccupe guère, donné à sa mission et, même si elle se limite à la cour, il parvient, non seulement à veiller sur l’âme de la princesse, mais encore à faire abjurer l’anglicanisme à des personnes de son entourage, ce qui agace.

En 1678, il est compromis dans une prétendue tentative des « papistes » d’en finir avec le protestantisme. Incarcéré à la prison de King’s Bench, il pourrait bien n’en sortir que pour aller au gibet, comme tant d’autres jésuites anglais avant lui. Il ne s’en inquiète guère. D’abord parce qu’il a eu la prémonition de cet emprisonnement : « Je me suis vu traîner en prison parce que j’avais prêché Jésus crucifié. Est-ce que je dois mourir de la main du bourreau ? Déshonoré par quelque calomnie ? Tout mon corps frissonne et je me sens saisi d’horreur » avouait-il après cette révélation, mais cela ne l’a pas empêché d’accepter la mission anglaise, entièrement abandonné à Dieu. N’a-t-il pas écrit cette prière devenue célèbre :

Mon Dieu, je suis si persuadé que vous veillez sur ceux qui espèrent en Vous et que l’on ne peut manquer de rien quand on attend de Vous toute chose, que j’ai décidé de vivre désormais sans aucun souci, et de me reposer sur Vous de toutes mes inquiétudes.

Il s’y tient. Son incarcération ne dure que trois semaines : il est libéré sur intervention de Louis XIV, indigné que l’on ait jeté en prison un prêtre français. Claude est expulsé vers sa patrie où il débarque à bout de force.
Depuis longtemps déjà, la tuberculose le ronge, dont il cache les symptômes, ne rabattant rien de ses veilles, travaux, jeûnes, pénitences.
Son incarcération, en accélérant la détérioration de sa santé, l’oblige enfin à prendre soin de lui, ce à quoi il n’a jamais pensé ; Dieu lui a en effet demandé d’exercer sa patience et sa charité en prenant soin d’un malade qu’il lui a confié, de tout faire pour permettre sa guérison, et ce malade, c’est lui-même. Claude consent à se soigner, insouciant de l’issue de sa maladie puisque le Ciel lui a fait dire de ne se préoccuper ni du passé ni de l’avenir.
Le 15 février 1682, "le fidèle serviteur et parfait ami " rend l’âme à Paray. Il avait eu 41 ans à la Chandeleur.