Francisco de Jasso est membre d'une famille d'ancienne noblesse basque de Basse-Navarre. Son père, Juan de Jasso, exerçait les fonctions de président du conseil du royaume de Navarre. Sa mère, María de Azpilicueta, issue d'une vieille famille de la vallée du Baztan, apporta en dot lors de son mariage le château de Xavier dont leurs enfants tiendront leur nom. Francisco est un jeune enfant lorsque la Castille envahit en 1512 la partie subpyrénéenne du royaume de Navarre. Son père et ses frères combattent contre les troupes castillanes sans pouvoir empêcher l'amputation de leur patrie.
Quelques années plus tard, alors que l'Europe est confrontée au protestantisme, François, ne se sentant pas attiré par la carrière des armes, choisit de devenir prêtre et de faire ses études en France.

Il poursuit ses études de théologie à la Sorbonne, logeant au collège Sainte-Barbe avec Pierre Favre qui est de son âge. Aux deux jeunes gens est bientôt rejoint leur aîné, Ignace de Loyola. Se liant d'amitié avec eux et d'autres, il fait partie du groupe fondateur de la Compagnie de Jésus.
En 1530, François obtient le diplôme de maître ès arts et devient professeur de Philosophie à Paris.
Il a vingt-huit ans, lorsque, avec ses « amis dans le Seigneur », il monte à Montmartre pour y prononcer dans la chapelle Saint-Denis ses vœux de pauvreté et de chasteté le 15 août 1534. Sous l'impulsion d'Ignace de Loyola, le groupe fonde la Compagnie de Jésus dont le but est d'agir partout « pour une plus grande gloire de Dieu » (Ad maiorem Dei gloriam).

Francisco de Javier et ses compagnons sont ordonnés prêtres en 1537, à Venise. Le groupe part alors pour Rome où les nouveaux prêtres souhaitent offrir au pape leurs services. Le projet de fondation religieuse est approuvé par le pape en septembre 1540. L'originalité de ces prêtres est de prononcer un vœu spécial d'obéissance au pape.
Le roi Jean III de Portugal demande alors au pape Paul III des « prêtres réformés » pour évangéliser Goa et les Indes orientales nouvellement conquises. Celui qu'avait désigné Ignace de Loyola, Nicolas Bobadilla, étant tombé malade, François Xavier le remplace en dernière minute et quitte Rome pour Lisbonne. Nommé nonce apostolique, il a reçu du pape des pouvoirs très amples pour étendre et maintenir la foi dans tous les pays d'Orient.

Il prend alors le bateau en avril 1541 et débarque à Goa, alors comptoir commercial portugais sur la côte occidentale de l'Inde, le 6 mai 1542. Sous son influence, quelques Portugais de Goa changent radicalement de vie. Ces conversions retentissantes commencent à le faire connaître. On lui confie une école en 1542. Il en fait le collège Saint-Paul, pour la formation chrétienne des nouveaux chrétiens. Saint-Paul est la première école dirigée par un jésuite. Tenace et infatigable, il visite la côte de l'Archipel des Comores puis de décembre 1544 à août 1545, il voyage à Ceylan, Malacca, aux îles Moluques et de nouveau à Malacca. Revenant en Inde, il missionne le long de la côte des pêcheurs.
À Malacca, François Xavier avait rencontré des Japonais, dont Anjirō. Ce qu'il apprend du pays le pousse à se rendre au Japon dans le but d'y faire connaître le Christ. Le 15 août 1549, il débarque avec quelques compagnons à Kagoshima sur l'île de Kyushu. Ses Lettres du Japon sont enthousiastes quant aux perspectives missionnaires qu'offre le pays. Il y est bien reçu par les autorités mais a des difficultés avec les moines bouddhistes. La mission à Kagoshima est confiée à Anjirō. Le prêtre décide de se rendre ensuite à Kyoto, à l'époque capitale du Japon, pour obtenir une audience avec l'empereur. Il est alors autorisé à utiliser un temple bouddhique abandonné, où il prêche pendant plusieurs mois. Des documents historiques indiquent qu’il réussit à convertir plus de 500 Japonais en un semestre jusqu’en mars 1551. En dix-sept mois de présence au Japon, François Xavier estimait avoir fait près de douze mille conversions. Ses contacts avec les autorités civiles et religieuses au Japon lui font comprendre l'importance de l'influence de la Chine dans le domaine philosophique et religieux.

Progressivement, il est persuadé que, pour convertir l'Orient, il faut commencer par la Chine. En novembre 1551, il confie sa décision à ses compagnons jésuites et commence à préparer ce voyage. Avant de s'y rendre, il rejoint l'Inde via Malacca, afin de récupérer sa correspondance dont il est privé depuis deux ans. Lors de ce voyage, une tempête l'oblige à s'arrêter sur une île près de Canton, en Chine, où il s'était déjà rendu. Arrivé à Malacca, il apprend que l'Inde a été nommée province jésuite indépendante du Portugal et qu'il en est désormais le provincial. De retour en Inde, après s'être occupé des missions, de différentes tâches d’organisation et avoir ravivé l'enthousiasme des différentes églises durant deux mois, il embarque pour la Chine en avril 1552 à bord du Santa Cruz avec Pereira. À Malacca, le responsable maritime s’oppose à eux, ne reconnaissant ni l’un en tant qu’ambassadeur, ni l’autre comme représentant ecclésial. Ayant oublié ses lettres testimoniales de Nonce apostolique à Goa, François Xavier se retrouve dans l’impasse et obligé de continuer son voyage avec pour seuls compagnons un étudiant jésuite, un Chinois et un domestique de Malabar.
Début septembre 1552, l’équipage arrive à l’île de Sancian, au large des côtes chinoises à une centaine de kilomètres au sud-ouest de Macao. L’accueil des quelques Portugais présents lui est favorable et on lui aménage une hutte et une petite chapelle. Par contre, il ne parvient pas à trouver un passeur pour lui faire rejoindre le continent.